集菌儀和微生物檢驗(yàn)儀（通常指微生物限度檢測(cè)儀）的主要區(qū)別如下：
用途：集菌儀主要用于無菌產(chǎn)品的無菌檢測(cè)，如注射用無菌制劑、抗生素類及含有抑菌成份的藥品、大輸液、水針劑、滅菌醫(yī)療器具、無菌注射用水等。而微生物限度檢測(cè)儀用于非無菌產(chǎn)品的微生物限度檢測(cè)，如純化水、初始污染菌等。
操作方式：集菌儀通過定向蠕動(dòng)加壓作用，供試品被過濾并在濾器內(nèi)進(jìn)行培養(yǎng)，可直接灌注培養(yǎng)基到濾膜背面，然后直接培養(yǎng)。微生物限度檢測(cè)儀則采用負(fù)壓抽濾，將供試品中微生物截留在濾膜上，用取膜器取出濾膜，轉(zhuǎn)移至配置好的固體培養(yǎng)基上，菌面朝上，平貼，蓋上蓋子形成封閉的培養(yǎng)盒，置于相應(yīng)的恒溫培養(yǎng)箱內(nèi)培養(yǎng)并計(jì)數(shù)。
價(jià)格：集菌儀相對(duì)微生物限度檢測(cè)儀更貴，微生物限度檢測(cè)儀比較便宜。
結(jié)構(gòu)和設(shè)計(jì)：集菌儀是集菌培養(yǎng)器的配套使用儀器，通常采用全封閉式設(shè)計(jì)，避免在微生物檢測(cè)過程中受到外界環(huán)境的污染。微生物限度檢測(cè)儀一般采用不銹鋼金屬材料制成，配有內(nèi)置或外置隔膜液泵，可整體滅菌和單獨(dú)滅菌，單獨(dú)配備的泵也滿足了收集有價(jià)值的廢液等要求。
綜上所述，集菌儀和微生物限度檢測(cè)儀在用途、操作方式、價(jià)格和結(jié)構(gòu)設(shè)計(jì)上存在明顯差異，用戶應(yīng)根據(jù)實(shí)際檢測(cè)需求選擇合適的儀器。